از لحاظ ریختشناسی، صفات زعفران به مشخصات ریختشناسی برگ، کلاله، خامه، گلبرگ، کاسبرگ، پیاز (سوخ) و چمچه تقسیم میشود.
مشخصات برگ: برگ زعفران معمولاً از ۱۰ سانتیمتر تا ۴۰ سانتیمتر میباشد، برگهای نوک تیز دارد که روی برگ آن تیرهتر است ودرارقام مختلف متفاوت میباشد. زیر برگ آن روشن است و در گونههای مختلف زعفران فرق میکند. ضخامت برگ ممکن کم تا زیاد باشد و ارقام مختلف زعفران مانند خزری، زاگرسی، سفید، بنفش، زیبا و جوقاسم متفاوت است.
کلاله: رنگ کلاله که به میزان کارتنویید و لیکوپن موجود در آن بستگی دارد متفاوت است. از قرمزررنگ تا نارنجی کمرنگ دیده شدهاست. کلاه سهشاخه است و نسبت به خامه که تعداد آن نیز سه عدد میباشد متفاوت است. ممکن است بلندتر، کوتاهتر، و برابر با آن باشد و همچنین طول آن نسبت به گلبرگها نیز متفاوت است. و دیده شدهاست که در ارقام مختلف در ایران بلندتر، کوتاهتر و تا اندازهای برابر وجود دارد. در انتهای کلاله لبه آن حالت چینخورده دارد که در برخی ارقام زعفران بسیار بیشتر دیده میشود. و عرض دهانه آن نیز بستگی به گونه آن پهن تا نازک وجود دارد. و رنگ لبه انتهایی کلاله دارای رگه سفیدی میباشد که کم تا زیاد وجود دارد.
خامه: دارای رنگ زرد میباشد که در برخی ارقام مانند زعفران خزری بسیار زرد آن پررنگ میباشد و در رقمی مانند زعفران زاگرسی زرد کمرنگتری دارد و به نسبت کارتنویید آن متفاوت خواهد بود.
سوخ (پیاز): شکل عمومی سوخ میتواند بیضوی پخ، لوزی، تخم مرغیریا، دایرهای، و بیضوی پهن باشد. و یکی از صفات مورد بررسی آن پهنای گردن آن میباشد که ممکن است خیلی باریک، باریک، و تا بسیار پهن دیده شود. شکل قاعدهٔ پیاز زعفران ممکن است گرد و یا تورفته باشد. از لحاظ ضخامت قطر آن در ابتدا و انتهای و وسط سوخ دیده شدهاست که شکل سوخ را متفاوت کرده. و از لحاظ استفاده بازار از صفات بسیار مهم میباشد. در پیاز زعفران حالت چندقلویی نیز وجود دارد چنانچه در تمام گیاهان دارویی که دارای پیاز هستند وجود دارد و ممکن هم هست که وجود نداشته باشد و درصد نبود آن بیشتر است.
پیاز زعفران دارای الیاف قهوهای میباشد که در برخی گونهها بسیار فشرده میباشد و در برخی گونه کمپشتتر است و رنگ سفید پیاز به وضوح دیده میشود.
چمچه: اولین اندامی است از زعفران که به محظ جوانه زدن در سطح خاک دیده میشود. چمچهها در برخی ارقام بسیار بلند هستند و در ارقام پابلند زعفران دیده شده و در ارقام پاکوتاه زعفران بصورت بسیار کوتاه نیز وجود دارد و بیشتر ارقام متوسط آن وجود دارد.